NextSeq 500系统集高通量测序的性能和台式测序仪的简约为一体，是目前唯一一款可实现外显子组、转录组和全基因组测序的台式测序仪。它可在两种模式下开展测序实验：高产量（High Output）和中等产量（Medium Output），在单次运行中可获得20-120 Gb的数据，是实验室无创产前胎儿遗传标记检测新一代测序仪。
与MiSeq一样，NextSeq 500的整个流程也非常简单。制备好的文库可直接上样到系统。整合的簇生成实现了单分子的自动化克隆扩增。产生的DNA簇在NextSeq 500系统上测序，利用Illumina边合成边测序（SBS）技术及专利的可逆终止子原理。凭借成熟的SBS技术，NextSeq 500系统带来了行业领先的测序准确性。
